2026年度税制改正では、グループ会社などの関連者との取引について、「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」が創設されました。
本特例について、国税庁は6月30日、「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例の運用に当たっての基本的な考え方及び取扱いについて（事務運営指針）」を公表しました。
以前、「グループ間取引に新たな規制 書類保存特例の創設と企業実務への影響」という記事で、この制度の概要をご紹介しました。
制度そのものに変更はありませんが、事務運営指針は税務当局がこの制度をどのような考え方で運用していくのかが示された点で、実務上重要なものといえます。
今回は、その内容のうち、実務上特に注目したいポイントをご紹介します。
制度を振り返る
この制度は、企業グループ内の関連者との取引について、契約書などに取引内容や支払額の算定根拠等（必要記載事項）が十分に記載されていない場合（その記載等がない事項を「特定事項」といいます。）には、それらを補足する書類（特定事項記載書類）を作成・保存することを求めるものです。
対象となるのは、親子会社や兄弟会社など一定の関連者との取引であり、書類は法人税の申告期限までに整理・保存しておく必要があります。
制度創設の背景や対象となる取引などについては、以前の記事で詳しく解説していますので、併せてご覧ください。
事務運営指針から見えてくる4つのポイント
① 書類がないだけで損金算入が否認されるわけではない
事務運営指針では、本特例は、特定事項記載書類の保存等を関連者間取引に係る費用の損金算入の要件とするものではないことが明確に示されました。
そのため、特定事項記載書類の保存等が行われていない場合であっても、そのことだけを理由として直ちに損金算入が認められなくなるものではありません。
課税関係の判断に当たっては、帳簿書類その他の資料から取引の内容や事実関係の把握に努め、その結果に基づいて実態に即した判断を行うこととされています。
課税関係の判断に当たっては、取引の内容や事実関係を帳簿書類その他の資料から実態に即して判断することとされています。
この点は、本制度を理解する上で最も重要なポイントの一つといえるでしょう。
② 必要記載事項は「実態に即して個別具体的に判断」
事務運営指針では、本特例は、取引の内容や性質に照らして通常求められる範囲を超える詳細な資料の一律の保存等を求めるものではないことが示されています。
一方で、必要記載事項については、関連者間取引の内容を第三者の立場から客観的に把握できる程度の記載が求められるとしています。
また、特定事項（必要記載事項のうち、その記載等がない事項）の内容は、関連者間取引の内容や既に受領・作成している書類等の記載状況によって異なり、その記載内容や程度は、対価の算定方法や、工業所有権等の内容・機能、役務の内容などを踏まえ、実態に即して個別具体的に判断するとされています。
さらに、移転価格税制におけるローカルファイルに記載された事項によって必要記載事項が確認できる場合には、本特例は適用されないことも明確にされました。
これらの内容からは、一律の様式や画一的な書類作成を求める制度ではなく、取引の実態を適切に説明できるかどうかを重視する考え方がうかがえます。
③ 実地調査における運用も整理
事務運営指針では、実地調査における本特例の運用についても整理されています。
具体的には、特定事項記載書類の保存場所の取扱いや、保存等がない又は不十分な場合の対応について、運用上の考え方が示されました。
実務上は、税務調査が行われる前提ではなく、日頃から必要な書類を適切に整理・保存し、保存場所も含めて日頃から適切に管理しておくことが望まれます。
④ 青色申告の承認取消しの考え方も明確化
事務運営指針では、青色申告の承認取消しについても運用上の取扱いが示されています。
本制度には、一定の場合に青色申告の承認取消しにつながる規定がありますが、事務運営指針では、その適用に当たっての考え方が整理されています。
具体的には、特定事項記載書類の保存等の状況や、保存等がない又は不十分な場合の是正の可否等を把握した上で、その違反の程度その他の事情を踏まえ、適切に行うものとされています。
さらに、特定事項記載書類を含む帳簿書類の保存等が十分に行われていない場合には、欠損金の繰越控除の適用を受けることができないことがある点も示されています。
おわりに
グループ会社間の取引は、第三者間取引と比べて価格決定の経緯や取引条件が外部から把握しにくいという特徴があります。
そのため、本特例では、必要な情報を整理・保存し、取引の実態を説明できるようにしておくことが求められています。
今回公表された事務運営指針では、本特例によって納税者に追加的な事務負担が生じ得ることも踏まえ、取引の実態に即して保存義務の履行状況を個別具体的に判断するとともに、社会通念や事実関係、保存可能性等の具体的事情を総合的に勘案して運用することとされています。
関連者との取引を行っている企業では、今回公表された事務運営指針も踏まえ、自社の契約内容や資料の整備状況を改めて確認しておくことが望まれるでしょう。