インボイス制度では、従業員が立替払いした経費の領収書等（インボイス）の宛名が従業員名である場合、会社が仕入税額控除を受けるには、インボイスの他に、会社名等が記載された立替金精算書の保存が必要です。
従業員がネットで予約や購入を行いWeb領収書等（インボイス）を受領した時は、現在は紙に印刷して会社に提示しているケースもあると思います。
2021年度税制改正で電子的に授受した請求書や領収書等を電子的に保存することが義務化されました。翌年度の改正では、やむを得ない事情がある場合に電子的な保存の義務を2年間（2023年12月31日まで）宥恕されましたが、2024年1月以降は電子データの保存が必要となります。
なお、2023年度税制改正では、資金繰り等の理由によりシステム対応ができないなどの「相当の理由」がある場合は、これまでの出力書面の保存に加え、データのダウンロードの求めに応じることができるようにしておけば、従前の検索機能の要件等を不要としてそのデータの保存を可能とする、新たな猶予措置が整備されました。この新しい猶予措置は、電子データの保存が必要であり、かつ、税務調査の際に当該電子データのダウンロードの求めに応じることができる場合にその適用が認められることになります。
したがって、2024年1月以降は、従業員がネットで予約や購入を行いWeb領収書等（インボイス）を受領した時は、紙に印刷をして会社に提示しても電子取引の電子保存を行ったことになりませんので注意が必要です。
電子データで受領した領収書のデータは、立替払いをした従業員から会社に送ってもらう必要があります。
ただし、すぐに会社がデータを収集できない場合もありますので、会社側で日付・金額・取引先に紐づく検索ができる状態で管理していれば、従業員が一定期間自身のパソコンなどに保存しておくことも認められます（国税庁_電子帳簿保存法一問一答_問10）。